土壤微生物大部分對作物生長發(fā)育是有益的，它們對土壤的形成發(fā)育、物質(zhì)循環(huán)和肥力演變等均有重大影響。其具體作用是：
1、形成土壤結(jié)構(gòu)：有活性的土壤是由固態(tài)的土壤、液態(tài)的水和氣態(tài)的空氣共同組成的，單純的土壤顆粒和化肥所構(gòu)成的并不是真正意義上的土壤。土壤微生物通過代謝活動加快氧氣和二氧化碳的交換，以及分泌的有機(jī)酸等有助于土壤粒子形成大的團(tuán)粒結(jié)構(gòu)，最終形成真正意義上的土壤。
2、分解有機(jī)質(zhì)：作物的殘根敗葉和施入土壤中的有機(jī)肥料，只有經(jīng)過土壤微生物的作用，才能腐爛分解，釋放出營養(yǎng)元素，供作物利用，并形成腐殖質(zhì)，改善土壤的結(jié)構(gòu)和耕性。
3、分解礦物質(zhì)：土壤微生物的代謝產(chǎn)物能促進(jìn)土壤中難溶性物質(zhì)的溶解。例如磷細(xì)菌能分解出磷礦石中的磷，鉀細(xì)菌能分解出鉀礦石中的鉀，以利作物吸收利用，提高土壤肥力。另外，尿素的分解利用也離不開土壤微生物。
4、固氮作用：氮氣占空氣組成的4/5，但植物不能直接利用，某些微生物可借助其固氮作用將空氣中的氮氣轉(zhuǎn)化為植物能夠利用的固定態(tài)氮化物。
5、調(diào)節(jié)植物生長：土壤微生物與植物根部營養(yǎng)有密切關(guān)系。植物根際微生物以及與植物共生的微生物如根瘤菌、菌根和真菌等能為植物直接提供氮素、磷素和其他礦質(zhì)元素的營養(yǎng)以及有機(jī)酸、氨基酸、維生素、生長素等各種有機(jī)營養(yǎng)，促進(jìn)植物的生長。
6、防治土傳病害：土壤中存在一些抗生性微生物，他們能夠分泌抗生素，抑制病原菌的繁殖，防治土傳病原菌對作物的危害。
